Pathway Studio: 製品概要

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パスウェイデータベース:ResNet

  • 自然言語処理アルゴリズム:MedScanおよび論文精読で収集した分子間相互作用・パスウェイデータベースです。 本データは、随時更新されお客様に情報を提供いたします。
  • 360種以上のカノニカルパスウェイを収録
  • 転写制御因子、レセプター、低分子、酵素、miRNAなどの分子だけではなく、Cell Process、Treatment、Diseaseなどのマクロな現象にも対応
  • プロモーター結合、発現制御、タンパク質間結合、低分子(薬剤)作用、miRNA相互作用など10種類の相互作用メカニズムに対応(リン酸化・
    メチル化・アセチル化・ユビキチン化などのタンパク修飾の詳細作用も収録)
  • GeneOntologyに加え、Elsevierが独自に定義したオントロジーも収録
  • 対応生物種は以下の通り
    Pathway Studio Mammalian
    • Human: ヒト/Mouse: マウス/Rat: ラット
    Pathway Studio Plant
    • Arabidopsis thalian: シロイヌナズナ
      Maize: トウモロコシ
      Rice: コメ
      Brachypodium distachyon: ミナトカモジグサ
      Populus trichocarpa: ブラックコットンウッド
      Vitis vinifera: ヨーロッパブドウ
      Glycine max: ダイズ
      Sorghum bicolor: モロコシ、タカキビ
      Solanum lycopersicum: トマト
      Fragaria vesca: エゾヘビイチゴ(オランダイチゴ属)

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解析機能

  • GeneChip、Agilent、Illumina の各種probeIDに対応したインポーターを搭載
  • EntrezGene、UniProtなど10種類以上の公的データベースのIDを認識
  • 注目する遺伝子・タンパク質・低分子などからの情報検索およびパスウェイ構築
  • ベーシックなパスウェイ構築アルゴリズムに加え、共通ターゲット分子
    および制御因子の探索
  • 疾患、臓器別遺伝子発現部位、細胞内局在、相互作用種、分子種、オーソログ情報を利用したパスウェイ解析
  • 引用論文数を反映し分子間相互作用情報の信頼性を可視化
  • 複数のタンパク質における共通のターゲット分子もしくは共通の発現制御因子の探索
  • 細胞内局在を反映したパスウェイのマッピング
  • 遺伝子(タンパク質)発現情報をパスウェイ上に可視化
  • NextBio Research(Illumina’s Correlation Engine)との連携
    詳細資料

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Pathway Studio Enterprise

クラウド環境でご利用いただけるシステムです。お客様毎にストレージを設定するためデータベースの編集が可能になります。自然言語処理アルゴリズム(MedScan)も合わせてご提供するためお持ちのデータに対するText Miningも可能になります。

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Pathway Studio MammalPlus

コンテンツを追加拡充したPathway Studioです(Mammalianのみ)。以下情報が追加されます。

  • 10万件以上の低分子・薬剤および薬剤相互作用や毒性パスウェイ(Toxicity Pathway)の情報が追加
  • BiomarkerやClinical Trialを始めとした4種類の相互作用と、レセプターを起点とした転写制御のシグナリングパスウェイ(Expression Signaling Target Pathway)の情報が追加

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ご活用場面

Pathway Studioは、製薬企業や大学・官公庁の研究者の方を中心に以下のようなシーンでご利用いただけます。

  • 分子機能情報の閲覧
  • シグナル伝達情報の確認
  • オミックス解析(例:マイクロアレイ、プロテオーム、NGS)
  • 創薬におけるターゲット分子探索
  • バイオマーカー候補の選出
  • テキストマイニングによる膨大な論文情報の解析
  • トキシコゲノミクス解析

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お問い合わせ

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エルゼビア・ジャパン株式会社

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